会计在周末加班的工资计算方式如下：
周末加班工资
周末加班应支付不低于工资的200%的工资报酬。
具体计算公式为：周末加班工资 = 日工资 × 200%，其中日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（21.75天）。
补休替代
用人单位可以安排补休来替代周末的加班费。
如果安排补休，则不需要支付额外的加班工资。
法律依据
根据《劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
《劳动合同法》第三十一条也明确指出，用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
综上所述，会计在周末加班时，用人单位应支付其正常工资的200%作为加班工资，或者通过安排补休来替代这部分工资。建议用人单位和劳动者在签订劳动合同时，明确加班工资的计算方式和支付方式，以避免后续的纠纷。
