会计在发放工资时扣除社保的步骤如下：
计提工资和社保费
根据员工的工资明细计提工资费用，并计提企业应缴纳的社保费用。
会计分录：
借：管理费用/生产成本/制造费用/销售费用等
贷：应付职工薪酬——工资
贷：应付职工薪酬——社会保险费（单位部分）
发放工资并代扣社保费
实际发放工资时，根据规定扣除员工个人应缴纳的社保费用。
会计分录：
借：应付职工薪酬——工资
贷：银行存款/库存现金（实发数）
贷：其他应付款——社会保险费（个人部分）
缴纳社保费
将企业和个人应缴的社保费用一起支付给社保机构。
会计分录：
借：应付职工薪酬——社会保险费（单位部分）
贷：银行存款
借：其他应付款——社会保险费（个人部分）
贷：银行存款
退回多扣的社保费 （如有）：
如果扣除了过多的社保费用，需要退回给员工。
会计分录
借：应付职工薪酬——工资（应发数）
贷：其他应收款——社保费（个人部分）（红字）
这些步骤和会计分录是基于一般会计准则，具体操作可能因企业所在地区和具体会计政策而异。
