当会计档案作废时，企业应遵循以下步骤和程序进行处理：
立即报告上级主管部门
企业应立即向上级主管部门报告会计档案的损毁或遗失情况，并按照上级主管部门的要求采取相应的措施。
重新建立会计档案
企业应尽快重新建立会计档案，包括重新收集和整理相关的财务记录和凭证，并按照规定的程序进行会计处理。
加强内部控制
企业应加强内部控制，确保会计档案的安全和完整性。例如，加强档案保管，设置档案借阅手续等。
审核和调查
企业应对会计档案损毁或遗失的原因进行审核和调查，并采取相应的措施，避免类似事件再次发生。
编制销毁清册
对于经鉴定可以销毁的会计档案，单位档案管理机构应编制会计档案销毁清册，列明拟销毁会计档案的名称、卷号、册数、起止年度、档案编号、应保管期限、已保管期限和销毁时间等内容。
审批流程
非国有企业需报本单位领导批准后销毁；国有企业需经企业领导审查，并报请上级主管单位批准后销毁。
销毁前的准备
销毁会计档案前，应按照销毁清册所列内容逐一清查核对。对于未了结的债权债务的原始凭证，应单独抽出，另行立卷，由档案部门保管至结清债权债务时为止。
销毁过程
销毁会计档案时，应由档案部门和财会部门共同派员监销。对于电子会计档案，销毁过程应符合国家有关电子档案的规定，并由档案管理机构、会计管理机构和信息系统管理机构共同派员监销。
销毁后的记录
销毁后，经办人应在销毁清册上签章，注明“已销毁”字样和销毁日期。同时，监销情况应写出书面报告，一份报本单位领导，一份归入档案备查。
安全措施
销毁过程应确保安全，防止档案信息的外泄。对于保密文件，应按照密级文件运输至销毁地点，并采取适当的销毁方式，如切割、烧毁或使用数据毁灭机。
归档和保密
企业注销后，会计档案需要按照时间顺序进行归档，建议按照年度进行分类，每年的档案单独存放，以便后续查询和管理。同时，需要注意保密，避免信息泄露。
保留期限
企业的会计档案需要按照国家相关规定进行保存，一般企业所得税和增值税税务档案需要保存至少10年，其他会计档案需要保存至少5年。建议按照规定的时间进行保留，超过保留期限后可以进行销毁处理。
移交档案
单位因撤销、解散、破产或其他原因而终止的，在终止或办理注销登记手续之前形成的会计档案，按照国家档案管理的有关规定处置，并按照规定向有关单位或者档案馆移交档案。
通过以上步骤，企业可以确保作废的会计档案得到妥善处理，避免信息泄露和财务风险。
