会计工资扣税的过程如下：
计算应纳税所得额
应纳税所得额 = 月度收入 - 5000元（免征额） - 专项扣除（三险一金等） - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。
计算应纳税额
应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
会计分录
在实际发放工资时，进行如下会计分录：
借：应付职工薪酬
贷：应交税费——应交个人所得税（代扣代缴个人所得税）。
在申报时，进行如下会计分录：
借：应交税费——应交个人所得税（代扣代缴个人所得税）
贷：银行存款。
自动算税和生成凭证
使用会计软件自动计算工资、个税、社保和公积金，并一键生成工资凭证，简化会计工作。
注意事项
工资需要以货币形式及时支付给劳动者，不能无故扣除或拖欠。
企业在计算工资扣税时，需要依法进行核算，并在发放工资前代扣代缴个人所得税。
通过以上步骤，企业可以准确无误地进行工资扣税，并确保及时足额缴纳税款，避免逾期产生滞纳金和罚款。同时，企业还需要在企业所得税汇算清缴时，根据实际发放的工资进行纳税调整。
